Тут главный вопрос: почему все же существуют виды, которые не загоняют себя в тупик узкой специализации, а приспосабливаются к среде “в общем”, что не обедняет их генофонд, а наоборот делает его функционально избыточным. Возможно, наличие таких видов следует трактовать стандартно в духе экологических ниш - есть ниши для плавающих, летающих и т.д., а есть для универсально “интеллектуальных”, решающих адаптивные задачи без жесткого приспособления морфологии.

Почему избыточность степеней свободы порождает новацию.

Ну точнее говорить, что избыточные степени свободы не порождают, а являются основной, необходимым условием. И тут еще следует отметить, что сама избыточность есть необходимый продукт, следствие эволюционного движения.
Тут я хотел подчеркнуть, что само представление о раздельности среды, в которой есть избыточность, и некой внешней волны, нечто делающей с этой избыточностью не совсем точно - это единый эволюционный процесс - единство деволюции и инволюции (”Перманентная деволюция элементов эволюционной системы, локально предстающая как дифференциация универсальных новационных элементов, с системной точки зрения выступает как процесс накопления разнообразия, обеспечивающего формирование нового интегрального содержания системы, в дальнейшем реализуемого в следующем новационном (инволюционном) акте.” сужд. 217 и около него.)

Мне представляется что новации это локальные проявления неких волн пробегающих по Миру , меняющих его структуру и тем самым меняющих собственный характер.

Учитывая мои предыдущие замечания, хотелось бы отметить, что это волна и есть само движение Мира, его эволюция. То есть я хочу сказать, что в моих представлениях нет разделения Мира на некую статичную, скажем, физическую сцену и на разыгрывающееся на ней эволюционное представление : Мир един в эволюционном движении и в каждый момент своей истории эволюционирует и “сцена” - совокупность пространственно локализованных объектов (то, что мы называем предметной реальностью), и представление - идеальная сущность спектакля. Второе (представление) реализуется, воплощается в первом (сцене), а первое, изменяясь, порождает второе и т.д.
И основная проблема в понимании этого процесса - это принципиальная локальная (от события к события, от феномена к феномену) недетерминированность этого процесса.

Можно продемонстрировать конструктивность и продуктивность понятийного аппарата РВС на немного более простом материале, чем эволюция Мироздания? Тогда бы и она стала понятней.

Всеми руками за! Но есть “но”.
Первое (не главное), сам формализм временнораспределенных систем (подумаю над термином темпоральных, но не уверен в его адекватности моим требованиям - а пока только таковые и мог рассматриваться ), так вот, сам формализм исконно возник при анализе именно эволюционных феноменов. То есть книга не писалась как приложение некой заранее известной и развитой концепции к эволюции Мира, а концепция возникла непосредственно по ходу работы над проблемами в области эволюционизма.
Второе “но” (и главное) - в полном объеме этот формализм может быть применен исключительно при рассмотрении эволюционных процессов - объекты, которые вы предлагаете рассматривать (программы и пр.) относятся к низшим уровням временно-распределенных систем (стационарные, динамические) или являются лишь элементами систем высших уровней (функциональные, идеальные, эволюционные). Так что демонстрировать на этих примерах просто нечего.
Тут ваш пример с Менделем очень показателен: сортируя горох можно выявить действие закона распределения генетических признаков. Но не более. Тут метод адекватен предмету. И из этого метода (сортировки) никак не получиться выводов о природе новационной эволюции. Как и справедливо обратное - принципы анализа новационного системогенеза бесполезны для исследования наследования признаков.
Хотя, конечно, это не абсолютно, и, наверное, что-то можно заключить о специфике таких систем, как “программы”, об их месте в общей иерархии систем. Но весь формализм исключительно на них продемонстрировать невозможно по определению - они более бедный предмет, чем сам метод.

Наши расхождения сводятся к степени “всеобщности” болдачевской теории…

У каждой концепции есть границы. Дело не во всеобщности - ее там нет. Пока наши расхождения сводятся еще разной степени понимания в этих границах (и посему с вашей позиции мои рассуждения вам кажутся выходящими за разумные пределы). О чем говорит и ваш вопрос.

Предлагаю вопрос. Является ли цикл распределенной во времени системой?

В книге предложена вполне конкретная (но не единственно возможная) классификация систем по “степени” их распределенности во времени (статические, стационарные, динамические, функциональные, идеальные, эволюционные).
Цикл (само понятие) не есть система. Но если задавать вопрос какие из распределенных систем могут содержать циклы, то есть повторяющиеся процессы, то ответ однозначен - динамические:

сужд. 238: Однако необходимость фиксирования пространственной структуры для динамической системы, а следовательно, и конечность числа элементарных переходов накладывают ограничения на организующие ее процессы — они (процессы) необходимо должны быть циклическими. Цикличность процессов динамической системы не только обеспечивает сохранность, стабильность ее структуры, то есть фиксирует пространственную определенность, но и задает временные границы системы.